Medezeggenschap betekent dat ouders, leerlingen en personeel meepraten, meedenken en meebeslissen over belangrijke zaken in scholen. In de geest van de wet op de medezeggenschap (WMS) is op Melanchthon de medezeggenschap zo laag mogelijk in de organisatie gelegd. Dit houdt in dat iedere vestiging een eigen deelraad heeft waar zaken die op vestigingsniveau spelen aan de orde komen. De deelraden bestaan voor de helft uit personeelsleden en voor de andere helft uit ouders/leerlingen.
Naast de deelraden kent Melanchthon een Groeps-MR die bestaat uit personeelsleden, ouders en leerlingen. Iedere deelraad levert twee leden aan de Groeps-MR (een personeelslid en een ouder of leerling). In de Groeps-MR komen zaken aan de orde die de vestigingen overstijgen. Zowel de deelraden als de Groeps-MR hebben advies- of instemmingsrecht op voorgenomen beslissingen van vestigingsdirecties dan wel de algemene directie. Ook hebben de raden recht op informatie over zaken die de scholen betreffen.